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Edens Zero se centra en Shiki Granbell, un huérfano criado por animatronics inteligentes en un planeta de parque temático desierto en el cosmo Sakura. El parque es visitado por dos viajeros espaciales, una chica llamada Rebecca y su compañero gato Happy, de quienes se hace amigo mientras están allí grabando videos para el sitio web de videos B-Cube. Acercándose al final de su vida útil, los robots obligan a Shiki a irse del planeta para que no se quede solo. Shiki se une a Rebecca y Happy en su viaje por el universo con la esperanza de hacerse nuevos amigos.
La tripulación se reúne con Noah en su oficina en Shooting Starlight. Dice que gracias a su fuerza y coraje Drakken fue derrotado y entregado. Como su estrategia involucró al Cat Leaper, causaría problemas si los altos mandos se enteraran de ello, así que les dice que deben seguir siendo héroes anónimos en la situación. Dice que normalmente no revelaría su identidad, pero les revela que su papel de maestro es una fachada y que en realidad es el director de la GIA.

Shiki por una vez duda en ser amigos mientras puso a Rebecca en peligro. Dice que si su identidad se filtra, se acabaría todo para él, así que pide que lo mantengan en secreto. Rebecca dice que lo hará y Homura comienza a enloquecer ya que no puede guardar secretos. Becca pide a los demás que se vayan porque quiere hablar con Noah en privado. Shiki está indeciso, pero los dejan tranquilos. Becca le pregunta a Noah, ya que él la ha estado observando desde que era una niña, si sabía de sus padres y su familia. Noah dice que no lo sabe y que ha estado tratando de encontrar la fuente de su poder, pero que puede llevar a algún lugar más allá de lo que sus poderes podrían alcanzar (como fuera del cosmos).

Ella pregunta por Connor, cómo nadie lo recuerda y que causa un error en el tiempo porque los llevó alrededor del campo de escombros en Sun Jewel que de otra manera habría tomado 3 días. Sin embargo, todos le dijeron que no había ningún campo de escombros y se las arreglaron para llegar allí como de costumbre. Cree que puede ser la consecuencia de haber salvado a Shiki y al resto, pero Noah cree que eso es poco probable y que los eventos del pasado pueden haber cambiado debido a algo sin relación con Rebecca. Ella dice que tal vez hay otro Cat Leaper además de ella y Noah piensa que puede ser posible. Terminan su reunión ahí con Rebecca ahora en buenos términos con Noah.

Fuera de la oficina, Becca se encuentra con Labilia. Se disculpa con ella porque considera que se debe a ella que haya sido capturada. Labilia dice que está bien y agradece a Becca por ayudarla. Se sorprende por su respuesta y le sonríe. Labilia ha subido un nuevo vídeo. Es un video que muestra la vida diaria de Becca en secreto. Muestra a Labilia de pie sobre la cama de Becca mientras duerme. Burlándose de ella mientras come e incluso yendo al baño. Becca mira con rabia a Labilia, y le pone una cara a Becca y le dice que a partir de ahora hará buenos videos y que no perderá con ella. Becca se va molesta.


De vuelta en la nave Edens Zerp, Kris, Sister y el resto están en el vestidor. Kris le dice a Sister que cure a Kleene pero Sister le dice que tenga paciencia, que es un caso especial y está esperando a ver cómo progresa. Dice que no se quedarán en la nave para siempre. Kleene sale del vestuario con un nuevo atuendo. Hermit y Mosco se emocionan con el atuendo y Kleene imita a Mosco diciendo "moscoy". Kris le grita a Mosco diciéndole que no le enseñe palabras raras. El accesorio de pelo en la cabeza de Kleene está feliz y sonríe y Kris está sorprendido por eso. La escena termina con Hermana pensando en la situación de Kleene.

De vuelta al gremio, Shiki muestra el holograma de Madre a Homura y Weisz. Celebran porque ha llegado el momento de salir en busca de Madre. Becca regresa reclamando que se convertirá en la mejor B-Cuber. Shiki dice que se hará amigo de Madre. Weisz quiere hacerse rico y conseguir una mujer hermosa. Happy quiere muchos pescados. Pino quiere convertirse en humana. Homura se pone nerviosa y pregunta si estaría bien que quisiera volver a ver a su Maestra. Becca dice que con los sentimientos de todos en mente, irán al espacio exterior y todos se alegran. Shiki pregunta antes de irse si pueden volver a Granbell para ver si los bots han vuelto a la normalidad (ya que todavía cree que están infectados por un virus) y también quiere visitar la tumba de su abuelo.

La escena pasa en dirección al espacio en el Cosmos Sakura. Una nave muestra el Símbolo EZ con EDENSONE escrito en él. La nave completa se revela y se ve similar a la del EZ, pero la figura es un pez. Dentro, un robot le pregunta a un hombre en una silla qué es lo que pasa. El hombre dice que tuvo un sueño extraño, que se sintió cálido como si estuviera envuelto por algo como una familia y que en el sueño se detiene ahí y dice que no importa. Su mano tiene un tatuaje que dice EDENS ONE. Su rostro se revela con el recuadro del título "Connor, capitán del EDENS ONE". El EDENS ONE se dirige a Granbell. El panel final muestra a Granbell. El cadáver de Ziggy se ve bastante viejo y dañado pero de repente su ojo se ilumina.