Edens Zero se centra en Shiki Granbell, un huérfano criado por animatronics inteligentes en un planeta de parque temático desierto en el cosmo Sakura. El parque es visitado por dos viajeros espaciales, una chica llamada Rebecca y su compañero gato Happy, de quienes se hace amigo mientras están allí grabando videos para el sitio web de videos B-Cube. Acercándose al final de su vida útil, los robots obligan a Shiki a irse del planeta para que no se quede solo. Shiki se une a Rebecca y Happy en su viaje por el universo con la esperanza de hacerse nuevos amigos.
Un ingeniero humano llamado Andrew la trajo de vuelta. Nadia se sonroja al hablar de el. Rebecca recuerda el cadáver y pregunta qué le pasó a Andrew. Nadia dice que se fue para recuperar el tesoro hace 200 años, y ella lo sigue esperando.
Nadia tambien dice que aparte de Ziggy, otros avenureros tiene la pista. tambien dice que Ziggy vino solo.
Bruja regresa con Laguna, dice que hicieron un trato y van a la cueva. Laguna convierte a Shiki en agua, y Bruja lo cubre con su eter, Shiki usa su gravedad para atravesar las llamas.
Shiki llega al otro lado de la cueva y ve un pedestal donde al parecer habia un tesoro. Una voz dice "Si sigues este ether, encontrarás el camino hacia mí, soy la madre del universo".
El eter alrededor de Shiki comienza a tomar la forma completa de Madre.